Biologické čištění – probíhá na základě činnosti mikroorganismů, které z odpadní vody odstraňují nečistoty až do úplného vyčištění. Jestliže dochází k rozložení nečistot v prostředí bez kyslíku, mluvíme o anaerobním čištění. V opačném případě, kdy mikroorganismy potřebují kyslík, jedná se o aerobní čištění.